Karolinska K/KI covid-19 provsamling

Karolinska K/KI covid-19 provsamling

Karolinska KI/K covid-19 provsamling upprättades under SARS-CoV-2 pandemin där prover samlades in i ett samarbete mellan Medicinsk Enhet (ME) Infektionssjukdomar och Funktion Preoperativ Medicin och Intensivvård vid Karolinska Universitetssjukhuset samt Centrum för Infektionsmedicin vid Karolinska Institutet. Även andra ME och funktionsområden bidrog till arbetet. Syftet var att bygga upp en provsamling under pandemin och därigenom skapa tillgång till prover för forskning inom nämnda verksamheter, men även att efter bedömning tillgängliggöra prover för andra forskare inom Karolinska Universitetssjukhuset, Karolinska Institutet, samt andra universitet, organisationer och i förekommande fall industri/biotech.

”Bedömningsgruppen Karolinska KI/K covid-19 provsamling” är tillsatt av KI-K Resursgrupp för covid-19 med uppdrag att ta ställning till önskemål om tillgång till prov för forskning. Bedömningsgruppen skickar efter avslutad granskning och bedömning sin rekommendation om uttag av prover till Stockholms medicinska biobank (SMB) för upprättande av provsamlingsavtal. Bedömningsgruppen arbetar för att bygga upp en bank av metadata kring provsamlingen, vilken också efter bedömning skall kunna göras tillgänglig för andra forskare inom Karolinska Universitetssjukhuset, Karolinska Institutet, samt andra universitet, organisationer och i förekommande fall industri/biotech. Samverkan kan också komma att ske med företrädare för andra covid-19 provsamlingar.

Provsamlingen är begränsad i antal prover (ändlig). Proverna innehåller/kan innehålla aktivt virus och kräver provhantering i laboratorium i enlighet med gällande riktlinjer. Se KI:s biosäkerhetskommittés riktlinje, eller andra motsvarande riktlinjerför hantering och arbete med humant provmaterial med misstänkt/konfirmerad smitta med SARS-CoV2. 

Om provsamlingen

Omkring 300 patienter är provtagna vid 1-4 tillfällen under sin vårdtid, och i förekommande fall i senare konvalescensfas.

De provtyper som finns tillgängliga är helblod, stabiliserat helblod, plasma, serum, PBMC, och DNA.

För varje patient som lämnat prover till provsamlingen finns kliniska basuppgifter kring de patienter som lämnat prover avseende demografiska data, samsjuklighet, förekomst av immunosuppressiva läkemedel före och under vårdtiden, klinisk bild, förlopp och utfall, kemlab data, mikrobiologiska data, radiologiska data, samt data om covidspecifika läkemedel givna under vårdtiden före prov till provsamlingen. Provsamlingen kompletteras succesivt med ytterligare metadata inkluderande flödescytometriska data (True Count), proteomik (Olink Explore), serologi, och HLA och KIR/KIR ligand typning. Ytterligare insamling av metadata associerat till provsamligen kan komma att ske.

Hur får jag tillgång till provsamlingen?

Steg 1: Beskriv din studie för bedömningsgruppen

Fyll i blanketten ”Ansökan om tillgång till prov för forskning från Karolinska K/KI covid-19 provsamling” och maila denna till funktionsbrevlådan covid19.karolinska@sll.se.

Vid behov kontaktas du.

Steg 2: Ansök till etikprövningsmyndigheten

Skicka in din ansökan till etikprövningsmyndigheten.

I etikansökan behöver det tydligt framgå:

  • Att man önskar uttag från Karolinska K/KI covid-19 provsamlingen (BbK2455)
  • Vilka provtyper som önskas
  • Vilka provmängder som önskas
  • Vilka analyser som planeras
  • Till vilket/vilka länder/företag etc prov ska skickas för analys
  • Vad som händer med prov efter avslutad studie
  • Hur många individer som inkluderas baserat på statistisk beräkning
  • Hur prov kodas och hur kodnyckeln förvaras samt vem som har tillgång till den
  • Hur personuppgifter hanteras och förvaras
  • Start- och sluttid för studien
  • Om provsamlingen ska utlämnas till en annan huvudmans biobank
  • Ansvarig biobank (namn och registreringsnummer hos IVO)
  • För att ett etikgodkännande ska vara giltigt måste forskning påbörjas inom 2 år från godkännandet.
  • Om man inte avser tillfråga provgivarna på nytt ska det anges och motiveras. Den forskningspersonsinformation som använts vid insamlingen ska skickas med (aktuell information kan skickas på begäran, kontakta processledare Jeannette Lundblad-Magnusson

Steg 3: Ansök till Stockholms medicinska biobank

När etikansökan är godkänd kan ansökan till Stockholms medicinska biobank skickas in. Till denna ska bifogas:

  • Blankett L1 (länk)
  • Bedömningsgruppens blankett med rekommendation
  • Signerad etikansökan
  • Etikprövningsmyndighetens godkännande
  • Ev forskningspersonsinformation

För detaljer kring hur ansökan ska skickas in, se: https://biobankstockholm.se/vara-tjanster/ansokan/singelcenterstudier/ 

Steg 4: Allt är klart för uttag

När biobanken godkänt din ansökan meddelas bedömningsgruppen och ditt uttag kan påbörjas.

Efter avslutad studie återrapporterar du till bedömningsgruppen enligt överenskommelse.